На фронте с первых дней войны.

Штурман 331 отдельной авиационной эскадрильи ночных бомбардировщиков.

На самолетах Р-5 и «Кертис» произвел 10 вылетов на разведку, 8- на площадное фотографирование в район Мценска, 3- на корректировку артогня у Мценска и Новосиль, 6- по спецзаданию ставки, 4- на выбрасывание парашютистов.

Ночные вылеты совершал на самолете СБ.

07 октября 1941г. экипаж выполнял приказ по доставке горючего и продовольствия 143 корпусу, выходившему из окружения из-под Луги. В составе звена, без прикрытия истребителей, совершил за день 6 вылетов. Истребителями противника были сбиты 2 наших самолета. Но задание было выполнено.

К средине июля 1943г. лейтенант Семинин выполнил 83 успешных боевых вылетов, 44 из которых- ночные.

Командиром 454 бомбардировочного авиаполка был представлен к ордену Красного Знамени, приказ о награждении от 27 августа 1943г.

К маю 1944г. совершил 132 ночных боевых вылетов.

С мая 1944г. штурман самолета Ил-4  9 гвардейского авиаполка дальнего действия.

В июне экипаж самолета Ил-4 3-й авиаэскадрильи полка: летчик Анашкин Георгий Герасимович, штурман  Семинин Евгений Митрофанович, воздушный стрелок-радист Лаврентьев Трофим Прокопьевич, воздушный стрелок Потапов Павел Иванович.

06 июля 1944г. экипаж самолета Ил-4 (заводской номер 13617) летчик гвардии старший лейтенант Анашкин, штурман гвардии лейтенант Семинин, стрелок-радист гвардии сержант Винокуров Степан Феофанович- из-за прогара возвратного клапана второго цилиндра левого мотора возвратился с боевого задания на аэродром Веприк. Бомбы были сброшены на ложный аэродром противника.

25 июля 1944г. экипаж участвовал в бомбардировке промышленных объектов противника в Варшаве, 13 и 14 сентября- в Будапеште, 15 сентября- в Дебренце.

27 июля 1944г. экипаж самолета Ил-4 (заводской номер 13617) летчик гвардии старший лейтенант Анашкин, штурман гвардии лейтенант Семинин, стрелок-радист рядовой Уразбаев Гариф Губаевич- из-за прогорания поршня 8 цилиндра правого мотора возвратился с боевого задания на аэродром Веприк. 

23 августа 1944г. экипаж самолета Ил-4 (заводской номер 13617) летчик гвардии старший лейтенант Анашкин, штурман гвардии лейтенант Семинин, воздушный стрелок-радист гвардии старшина Лаврентьев Трофим Прокопьевич, воздушный стрелок гвардии сержант Ермаков Михаил Акимович- из-за разрушения поршня 10 цилиндра правого мотора и падения давления масла возвратился с боевого задания на аэродром Веприк.

В ноябре 1944г. экипаж переведен в состав 2-й авиаэскадрильи полка. Стрелок-радист гвардии сержант Винокуров Степан Феофанович, стрелок гвардии старший сержант Кожевников Николай Прохорович.

В ноябре 1944г. из-за плохих метеоусловий полк боевой работы не вел.

В период с 01 по 20 декабря 1944г. из-за плохих метеоусловий полк боевой работы не вел. Базировался на аэродроме Грановка.

В ночь с 20 на 21 декабря нанес бомбовый удар по железнодорожному узлу Прешов, в ночь на 23 декабря- по железнодорожному узлу Тер (в 110км. западнее Будапешта).

К концу 1944г. гвардии старший лейтенант Семинин начальник воздушно-стрелковой службы авиаэскадрильи, штурман 3 класса. Совершил 8 боевых вылетов днем и 157 ночью. Заместитель командира авиаэскадрильи летчик 2 класса гвардии капитан Анашкин- 346 ночных боевых вылетов.

В период с 01 по 15 января 1945г. из-за плохих метеоусловий полк боевой работы не вел. 

В ночь с 16 на 17 января нанес бомбовый удар по железнодорожному узлу Лодзь, в ночь на 19 января- по железнодорожному узлу Бреслау, в ночь на 20 января- по железнодорожному узлу Морав Острава.

В период с 21 января по 20 февраля 1945г. из-за плохих метеоусловий полк боевой работы не вел. 

В ночь на 21 февраля бомбардировал железнодорожные узлы Штеттин и Штргард, в ночь на 22 февраля- Кенигсберг

В период с 01 по 10 марта 1945г. из-за плохих метеоусловий полк боевой работы не вел.

Вечером 11 марта 1945г. полковая группа вылетела на бомбардировку порта и железнодорожного узла Данциг.

31 января 1945г. Евгений Митрофанович был представлен к ордену Красного Знамени. Приказ о награждении от 06 апреля 1945г. 

09 апреля 1945г. при бомбардировке порта Пиллау экипаж прямым попаданием вызвал большой взрыв. Предположительно, бомба попала в одно из судов.

Награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Гвардии старший лейтенант Семинин был уволен в запас 13 апреля 1946г.